1. ฝ่ายเทคโนโลยีชีวมวลและพลังงานชีวภาพ ประกอบด้วย 8 หน่วยงาน ดังนี้
- หน่วยปฏิบัติการเทคโนโลยีแป้ง น้ำตาลและยางพารา
- หน่วยปฏิบัติการเทคโนโลยีสิ่งทอ
- หน่วยปฏิบัติการเทคโนโลยีเยื่อและกระดาษ
- หน่วยปฏิบัติการเทคโนโลยีกระดาษและผลิตภัณฑ์พื้นบ้าน
- หน่วยปฏิบัติการเทคโนโลยีข้าว
- หน่วยปฏิบัติการเทคโนโลยีสมุนไพรและความหลากหลายทางชีวภาพ
- หน่วยปฏิบัติการเทคโนโลยีโพลีเมอร์และเส้นใยย่อยสลายได้จากธรรมชาติ
- หน่วยปฏิบัติการเทคโนโลยีไม้โตเร็วเพื่อพลังงานทดแทน
2. ฝ่ายนาโนเทคโนโลยีและเทคโนโลยีชีวภาพ ประกอบด้วย 4 หน่วยงาน ดังนี้
- หน่วยปฏิบัติการเทคโนโลยีชีวภาพเพื่ออุตสาหกรรม
- หน่วยปฏิบัติการเทคโนโลยีผลิตภัณฑ์เพื่อสุขภาพและเครื่องสำอาง
- หน่วยปฏิบัติการเทคโนโลยีเทคโนโลยีเอ็นไซม์ และการจัดการของเสีย
- หน่วยปฏิบัติการเทคโนโลยีการตรวจสอบสินค้าโดยวิธีไม่ทำลาย
3. ฝ่ายพัฒนาเชิงธุรกิจ ประกอบด้วย 3 หน่วยงาน ดังนี้
- หน่วยพัฒนาธุรกิจและการตลาด
- หน่วยเทคโนโลยีสารสนเทศ
- หน่วยบ่มเพาะและถ่ายทอดเทคโนโลยี
4. สำนักงานเลขานุการ
- งานสารบรรณ
- งานการเงินและบัญชี
- งานนโยบายและแผน
- งานการเจ้าหน้าที่
- งานพัสดุ
- งานอาคารสถานที่และยานพาหนะ
- งานบริการวิชาการและวิเทศสัมพันธ์