สถาบันภาษาศาสตร์และวัฒนธรรมศึกษาราชนครินทร์จัดตั้งขึ้น เมื่อ พ.ศ.2543 โดยมหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ และคณะมนุษยศาสตร์ ได้ดำริร่วมกันว่าควรจะจัดตั้งสถาบันเพื่อเฉลิมพระเกียรติแด่สมเด็จพระเจ้าพี่นางเธอเจ้าฟ้ากัลยาณิวัฒนา กรมหลวงนราธิวาสราชนครินทร์ ในฐานะที่พระองค์ได้ทรงทำคุณประโยชน์แก่มหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์และประเทศชาติในด้านต่าง ๆ เป็นอันมาก โดยเฉพาะในด้านภาษาและวัฒนธรรม กอปรกับมหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ยังไม่เคยมีหน่วยงานใดดำเนินการในเรื่องนี้มาก่อน จึงได้มีความเห็นร่วมกันว่าควรจัดตั้งสถาบันเกี่ยวกับภาษาและวัฒนธรรมถวาย เพราะเป็นเรื่องที่ทรงห่วงใย และทรงพยายามส่งเสริมตลอดมา ท่านอธิการบดีในขณะนั้น (ศ.ดร.ธีระ สูตะบุตร) จึงได้มอบหมายให้คณะมนุษยศาสตร์ โดย รศ.กมลา นาคะศิริ ดำเนินการจัดทำโครงการจัดตั้ง "สถาบันภาษาศาสตร์และวัฒนธรรมศึกษา" ขึ้น

เมื่อจัดทำโครงการจัดตั้งสถาบันภาษาศาสตร์และวัฒนธรรมศึกษาเป็นที่เรียบร้อยแล้ว คณะมนุษยศาสตร์จึงได้นำโครงการจัดตั้งสถาบันดังกล่าวขึ้นกราบทูลสมเด็จพระเจ้าพี่นางเธอเจ้าฟ้ากัลยาณิวัฒนา กรมหลวงนราธิวาสราชนครินทร์ เพื่อขอประทานพระวินิจฉัยและขอประทานนามสถาบันเมื่อต้นปี พ.ศ.2540 ทรงเห็นชอบในหลักการ และทรงพระกรุณาประทานนามสถาบันว่า "สถาบันภาษาศาสตร์และวัฒนธรรมศึกษาราชนครินทร์"

จากนั้นคณะมนุษยศาสตร์จึงได้เสนอโครงการจัดตั้งสถาบันดังกล่าวต่อมหาวิทยาลัย เพื่อดำเนินการจัดตั้งต่อไป สภามหาวิทยาลัยในการประชุมครั้งที่ 5/2540 เมื่อวันที่ 26 พฤษภาคม 2540 ได้มีมติเห็นชอบให้บรรจุโครงการจัดตั้งสถาบันภาษาศาสตร์และวัฒนธรรมศึกษาราชนครินทร์ ไว้ในแผนพัฒนาการศึกษาระดับอุดมศึกษาฉบับที่ 8 (พ.ศ.2540 - 2544 ) แต่บังเอิญเป็นช่วงเวลาที่ประเทศกำลังเผชิญกับวิกฤตทางเศรษฐกิจรัฐบาลไม่สนับสนุนให้มีการจัดตั้งหน่วยงานใหม่เพิ่มขึ้น การจัดตั้งสถาบันภาษาศาสตร์และวัฒนธรรมศึกษาราชนครินทร์ จึงชะลอมาเป็นเวลา 3 ปี

ถึงปี พ.ศ. 2543 มหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์จึงได้ดำเนินการจัดตั้งสถาบันภาษาศาสตร์และวัฒนธรรมศึกษาราชนครินทร์ขึ้น โดยอนุมัติของสภามหาวิทยาลัย ในคราวประชุม ครั้งที่ 2 / 2543 วันที่ 28 กุมภาพันธ์ 2543 ตามประกาศสภามหาวิทยาลัย ลงวันที่ 20 มีนาคม 2543 สถาบันภาษาศาสตร์และวัฒนธรรมศึกษาราชนครินทร์ เป็นหน่วยงานภายในสังกัดสำนักงานอธิการบดี มหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์