ศูนย์ค้นคว้าและพัฒนาเกษตรที่สูง สำนักงานโครงการจัดตั้งสถาบันค้นคว้าและพัฒนา ระบบเกษตรในเขตวิกฤตเป็นหน่วยงานแรกของประเทศที่ได้บุกเบิกการทดลองเรื่องการปลูกพืชทดแทน ฝิ่นและการอนุรักษ์ต้นน้ำลำธารเป็นเวลานานหลายทศวรรษ และถือได้ว่ามหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์มีข้อมูล และความพร้อมทางด้านเทคโนโลยีการผลิตพืชทดแทนพืชเสพติด และระบบการเกษตรในเขตที่สูงที่ดีที่ สุดแห่งหนึ่ง ในอันที่จะสนองตอบต่อนโยบายของรัฐในเรื่องของการแก้ไขปัญหายาเสพติด และการปลูก พืชทดแทนในปัจจุบัน โดยศูนย์ค้นคว้าและพัฒนาเกษตรที่สูงและหน่วยงานอื่นๆ ที่เกี่ยวข้องมีความพร้อม ที่จะให้การฝึกอบรมแก่ประเทศเพื่อนบ้านในแถบภูมิภาคเอเซียตะวันออกเฉียงใต้ เช่น ลาว พม่า เขมร และเวียดนาม ได้เป็นอย่างดี โดยเฉพาะในเรื่องของการปลูกพืชทดแทนฝิ่น การปลูกพืชเชิงอนุรักษ์ ฯ ซึ่งบริเวณดังกล่าวเป็นแหล่งผลิตยาเสพติดที่ใหญ่ที่สุดของโลกในปัจจุบันนี้

ตามที่สภามหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ ประกาศเปลี่ยนชื่อ สถาบันค้นคว้าและพัฒนาระบบ เกษตรในเขตวิกฤต เป็น สถาบันค้นคว้าและพัฒนาระบบนิเวศเกษตร ประกาศ ณ วันที่ 29 กันยายน 2546 และให้มีการแบ่งส่วนหน่วยงานในสถาบันค้นคว้าและพัฒนาระบบนิเวศ เกษตร ดังนี้

การบริหารงาน